##Carica i pacchetti (prima li devi istallare!)
library(BiodiversityR)
library(vegan)

## Carica la prima matrice specie x sito
Berg04_sp<-read.table(file="C:/Users/marini/Google Drive/Articoli/OnFragmentation&Dominance/prova/Berg04_sp.txt",
header=TRUE)
## Carica la seconda matrice variabili ambientali x sito
berg04env<-read.table(file="C:/Users/marini/Google Drive/Articoli/OnFragmentation&Dominance/prova/Berg04_env.txt",
header=TRUE)
## Carica la terza matrice coordinate x sito
berg04xy<-read.table(file="C:/Users/marini/Google Drive/Articoli/OnFragmentation&Dominance/prova/Berg04XY.txt",
header=TRUE)

##visualizza i nomi delle colonne
names(Berg04_sp)

##Calcola le statistiche descrittive delle colonne
summary(Berg04_sp)

##Esempi di calcolo di indici di alpha-diversity
J<-diversityresult(Berg04_sp,index="Jevenness",method="s")
rich<-diversityresult(Berg04_sp,index="richness",method="s")

##Manuale della funzione "diversityresult"
?diversityresult

##Calcolo di beta a coppie
beta3<- 2*betadiver(Berg04_sp, "-3")
betacc<- betadiver(Berg04_sp, "cc")
betarich<-betacc-beta3

##Calcolo distanze geografiche
XY<-vegdist(berg04xy, "euclidean")

##plot beta~distanza 

plot(beta3~XY)